Dokter mungkin merekomendasikan Pemeriksaan Kolonoskopi jika gejala Anda saat itu mengemukakan kemungkinan terdapat kelainan dalam kolon atau rektum Anda. Gejala tersebut mencakup pendarahan rektal, perubahan kebiasaan buang air besar (konstipasi atau diare), terdapat darah dalam tinja, kehilangan berat badan dan sakit yang abnormal. Kolonoskopi dapat juga digunakan sebagai pemeriksaan rutin bagi mereka yang memiliki sejarah kanker kolon atau polip (pertumbuhan non-kanker dalam lapisan kolon), dan untuk memeriksa penyakit peradangan usus, seperti penyakit Crohn’s atau tukak lambung. Selain itu, Kolonoskopi dapat digunakan untuk mengambil biopsi (jaringan kecil lapisan kolon) dan memeriksanya di bawah mikroskop untuk mengenali infeksi, dan ini dapat digunakan untuk mengangkat polip kolon.