Chụp MRI giúp ghi lại hình ảnh về các mô mềm trên cơ thể như tim, phổi, gan và các cơ quan khác không hiển thị rõ ràng khi chụp X-quang. Kỹ thuật này có thể giúp bác sĩ đánh giá cấu trúc và chức năng của nhiều cơ quan khác nhau. Bác sĩ có thể đề nghị chụp MRI để chẩn đoán và đánh giá chứng phình mạch não hoặc u não. Kỹ thuật này giúp đưa ra chẩn đoán tạm thời về loại tổn thương não tiềm tàng. Ngoài ra nếu bệnh nhân bị đột quỵ, chụp MRI có thể giúp xác định vị trí tắc nghẽn hoặc chảy máu trong não. Kỹ thuật này cũng là phương pháp kiểm tra chẩn đoán để xem xét các nguyên nhân liên quan đến cấu trúc gây bệnh động kinh.
Chụp MRI là một kỹ thuật thay thế không xâm lấn và an toàn hơn so với chụp mạch máu bằng tia X trong chẩn đoán các bệnh lý về tim và não. Sử dụng MRI có thể giúp phát hiện và đánh giá các tổn thương ở mô mềm, khớp và cột sống. Kỹ thuật này cũng hỗ trợ việc lên phương án và chuẩn bị cho một số loại phẫu thuật nhất định bao gồm phẫu thuật sọ não thức tỉnh (phẫu thuật não để loại bỏ tổn thương não) và phẫu thuật kích thích não sâu.