Phẫu thuật nhi khoa là một chuyên khoa sâu thuộc khoa ngoại tổng hợp, bao gồm các thủ thuật ngoại khoa được thực hiện trên thai nhi, trẻ sơ sinh, trẻ nhỏ và trẻ vị thành niên. Các chuyên ngành trong phẫu thuật nhi khoa bao gồm phẫu thuật thai nhi (thực hiện trên thai nhi trong tử cung), phẫu thuật sơ sinh (thực hiện trên trẻ sơ sinh), phẫu thuật lồng ngực – tim mạch (tim), phẫu thuật thần kinh (não và dây thần kinh), phẫu thuật tiết niệu (đường tiết niệu) và phẫu thuật thận.
Bác sĩ phẫu thuật nhi khoa sử dụng các thủ thuật phẫu thuật nội soi xâm lấn tối thiểu để điều trị các tình trạng cần được can thiệp bằng phẫu thuật. Phẫu thuật nhi khoa tổng quát cần có sự tham gia của các bác sĩ thuộc nhiều chuyên ngành khác nhau, bao gồm bác sĩ chuyên khoa tiêu hóa nhi (bác sĩ chuyên khoa hệ tiêu hóa), bác sĩ hô hấp nhi (bác sĩ chuyên khoa hô hấp), bác sĩ nội tiết nhi (bác sĩ chuyên khoa nội tiết), chuyên gia dinh dưỡng và chuyên gia âm ngữ trị liệu.