Bác sĩ có thể đề nghị thực hiện kiểm tra bằng EUS để đánh giá và chẩn đoán nguyên nhân gây đau bụng kéo dài hoặc sụt cân bất thường. Phương pháp này cũng có thể được sử dụng để xác định giai đoạn ung thư, kiểm tra sỏi mật hoặc u gan và nghiên cứu các tình trạng tăng sinh bất thường khác trong ống mật.
Các bác sĩ cũng sử dụng EUS để đánh giá các bệnh gây ảnh hưởng đến tụy, bao gồm viêm tụy mạn tính, và để xác định nguyên nhân dẫn đến đại tiện không tự chủ (mất khả năng kiểm soát việc đại tiện).
Phương pháp này cũng được sử dụng để nghiên cứu các u bướu hoặc tổn thương đã được chẩn đoán từ trước. Trong khi tiến hành thủ thuật EUS, cũng có thể lấy mẫu mô để nghiên cứu sâu hơn nhằm xác định nguồn gốc của chúng và từ đó lựa chọn phương pháp điều trị tốt nhất cho bệnh nhân.